La Conformazione Calcarea della media e bassa valle favoriscono l'orogenesi di grotte, alcune delle quali sono risultate determinanti in epoca preistorica per l'insediamento umano e per il ricovero degli animali. Si ricordano in particolare la Buca di Costa Cavallina e di Andrea, sopra Zogno, per i reperti di sepolture umane, e il "Bus di tri' fradèi" sopra Zorzone per il ritrovamento di ben 7 scheletri di Orso delle Caverne.

Le Grotte piu' ampie ed accessibili, come le Grotte delle Meraviglie presso i Ponti di Sedrina o le Grotte del Sogno a San Pellegrino Terme, sono attrezzate per visite guidate. La "Caerna" sopra Spino al Brembo (Zogno), che si sviluppa in senso obliquo-discendente e' utilizzata per le esercitazioni di corsi speleologici.

Il complesso delle Grotte delle Meraviglie si apre entro il balcone calcareo di color grigio chiaro che sovrasta la Provinciale della Valle Brembana in prossimità della galleria di Zogno. La formazione geologica è quella denominata "calcare di zu'" ricca di coralli del Retico Inferiore. Il complesso delle Grotte, pur nella sua modesta estensione, presenta spunti di notevole interesse sia per la comprensione delle vicende geologiche legate alla formazione di cavità, sia per i fenomeni carsici che vi sono riccamente rappresentati. Le Grotte di Zogno devono la loro fama alla generosità e alla tenacia di Ermenegildo Zanchi del Gruppo Grotte di San Pellegrino Terme che ne fece una delle prime grotte turistiche d'Italia nel 1939.

Delle altre cavita', non meno interessanti dal punto di vista naturalistico, ma di difficile e pericolosa esplorazione si segnala solo la Buca del Castello ubicata lungo il greto della Valsecca di Roncobello. L'arditezza e la spettacolarita' dei suoi pozzi, che in profondita' complessiva raggiungono un dislivello di oltre 400 metri, sono un fattore di grande richiamo. La sua storia esplorativa, e' pero' segnata da alcuni lutti, anche tra speleologi provetti, per cui la sicurezza esige che l'accesso non sia liberamente consentito.

Le Grotte del Sogno a San Pellegrino Terme è dal 1990 che non sono più visitabili, in quanto non c'è più nessuno che le gestisce (la loro chiusura è stata concomitante con quella della funicolare). Le Grotte delle Meraviglie a Zogno sono in fase di ripristino: il Comune di Zogno le ha assorbite dal gruppo delle Nottole che molto probabilmente continuerà a seguire la parte delle visite guidate.