La concomitanza di particolari fattori climatici e geologici ha determinato per la Valle Brembana, come per il resto dell'area orobica meridionale, la creazione di una vera e propria isola botanica con vegetazione spontanea del tutto particolare per alcune specie di fiori, si è sviluppata solo in questa zona, dando origine a rari ed interessanti endesmi. Per quanto riguarda la vegetazione arborea, si possono individuare diverse fasce altimetriche. Il bosco misto di latifoglie, alternato ad aree a ceduo, prevale sui versanti più bassi, dove allignano in prevalenza il faggio, il carpino, il tiglio, il nocciolo, il frassino, il castagno e diverse specie di querce. A quote più elevate si inseriscono le conifere, dapprima in associazione con faggetti e betulleti, quindi in forma escusiva, con predominio di abeti rossi, laricie, in subordine, abeti bianchi, pini neri e pini silvestri. Più in alto, in corrispondenza dei pascoli alpini, le fustaie lasciano il posto alla vegetazione erbacea frammista ad arbusti quali i ginepri, i pini mughi, gli ontani e i rododendri.
Un pò dovunque, ma specialmente alle alte quote, si estende il regno dei fiori. Oltre agli endemismi si possono osservare gli esemplari più tipici della montagna, a cominciare da una serie sorprendente di orchidee selvatiche, tra qui la rarissima scarpetta della Madonna (Cypripedium calceolum). Abbastanza diffusi i vari tipi di genziana maggiore (gentiana lutea) e la genzianella (gentiana kokiana). Abbandonando le primule, a cominciare dalla orecchio d'orso ( primula auricolata), e poi il rododendro ferrugineo, dai fiori color rosso vivo e quello irsuto, dai fiori rosa pallido e le foglie cigliate. E ancora il botton d'oro (trollius auricola) il giglio rosso (lilium bulbiferum) il martagone (lilium marthagon) e una multiforme varietà di saxifranghe, rosacee, anemoni, aquileie, campanule, ranuncolacee. E per finire, la stella alpina (leontopodium alpinum) che domina i suoli calcarei delle quote più alte e si affida al rispetto degli escursionisti, così come tutti gli altri fiori, che vanno ammirati e fotografati, ma lasciati al loro posto.
